1949年、父ベン＝ツィオン・ネタニヤフと母ジラ・ネタニヤフ夫妻の次男としてテルアビブで生まれた。父親のベン＝ツィオンはロシア姓をミレイコフスキー（Милейковский）といい、1910年に、旧ロシア帝国ポーランド領ワルシャワで生まれた。彼の父（ベンヤミンの祖父）は、シオニスト運動家のネイサン・ミレイコフスキーで、一家は1920年にパレスチナへ移住し、エルサレムに入植した。ベン＝ツィオンもまた父の思想を受け継いだシオニスト運動家で、コーネル大学でユダヤ史の教授をつとめた。及びヘブライ・エンサイクロペディアの編集者であり、それが息子たちの思想に大きく影響している。兄のヨナタン・ネタニヤフは1976年のエンテベ空港奇襲作戦で戦死している。弟のイド・ネタニヤフは放射線科医であり劇作家でもある。兄弟は三人ともイスラエル国防軍のエリート部隊、「サイェレット・マトカル」に所属していた。
ネタニヤフは家族と共に1956年から1958年、1963年から1967年にかけてアメリカに在住。ペンシルベニア州フィラデルフィアの郊外で成長し、チェルテナム高校を卒業した（兄も同高校を卒業している）。高校ではディベートクラブに所属していた。（Wikiより）