昭和4年（1929年）落成。建てられた経緯については以下のとおり（ウィキペディアによる）。
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1920年12月に東京市長に就任した後藤新平は、地方自治についての調査・研究を行う独立公正の機関の新設を構想した。後藤は、ニュー・ヨーク市政調査会 (New York Bureau of Municipal Research) を範として、1922年2月に東京市政調査会（後に後藤・安田記念東京都市研究所に改称）を設立し、自らは初代会長に就任した。後藤は初代安田善次郎から350万円の寄付を受け（実際の受け渡しは、安田が刺殺されたのちに2代目善次郎によってなされた）、日比谷公園内に本拠を置いた。
建築家8人による指名設計競技の結果、佐藤功一の案が採用され、これをもとに清水組（現・清水建設）が施工。1929年10月19日に落成した。
当初は公園の北東部に建築される予定であったが、南東部に変更された。建築物の北側部分を公会堂（日比谷公会堂）、残りを会館とした。公会堂は東京市が、会館は東京市政調査会がそれぞれ管理した。
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地下1階に内閣官房領土・主権対策企画調整室による領土・主権展示館がある（2018年1月設置）。
